С 1 января 2019 года утрачивают силу положения Налогового кодекса Российской Федерации об освобождении налогоплательщиков, применяющих ЕСХН, от уплаты налога на добавленную стоимость. Все плательщики  ЕСХН становятся плательщиками НДС со всеми вытекающими обязанностями в виде составления и представления в налоговые органы декларации по НДС; выставления счетов-фактур; учета полученных счетов-фактур; ведения книги покупок; ведения книги продаж.

Налогоплательщики обязаны представлять в налоговые органы по месту своего учета налоговую декларацию по НДС по установленному формату в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота в срок не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом. Порядок заполнения декларации утвержден  Приказом ФНС России от 29.10.2014 № ММВ-7-3/558@. 

С формами и правилами заполнения документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость, перечнем кодов видов операций подробнее можно ознакомиться в налоговых инспекциях или на сайте ФНС России.

Плательщики ЕСХН (при отсутствии фактов реализации подакцизных товаров) могут получить право на освобождение от уплаты НДС на бессрочной основе. Реализовать это право можно в случае, если сумма полученного за предшествующий налоговый период дохода (без учета НДС) от реализации товаров (работ, услуг), в отношении которых применяется ЕСХН, не превысила установленные законом предельные значения: за 2018 год - 100 млн рублей; за 2019 год - 90 млн рублей; за 2020 год - 80 млн рублей; за 2021 год - 70 млн рублей; за 2022 год и последующие годы - 60 млн рублей.

Документы, подтверждающие доход, и (или) уведомление необходимо представить в налоговую инспекцию не позднее 20-го числа месяца, начиная с которого используется право на освобождение.

Плательщики ЕСХН, воспользовавшиеся правом на освобождение от уплаты НДС, не смогут отказаться от этого освобождения до истечения 12 последовательных календарных месяцев. Право будет считаться утраченным начиная с 1-го числа месяца, в котором имело место превышение суммы выручки либо осуществлялась реализация подакцизных товаров. Повторно реализовать право на освобождение от уплаты НДС возможности не будет.

По истечении 12 последовательных календарных месяцев не позднее 20-го числа следующего месяца, воспользовавшиеся правом на освобождение от НДС налогоплательщики должны представить в налоговые инспекции документы, подтверждающие сумму выручки от реализации товаров (работ, услуг), и уведомление о продлении использования права на освобождение в течение последующих 12 календарных месяцев или об отказе от использования данного права.

Кроме того, лицо, применяющее освобождение на основании ст. 145 Кодекса, обязано исчислить и заплатить НДС, если выставило покупателю счет-фактуру с выделенной суммой налога.